12歳の学とあかりは、保健室に行く途中、突如迷路になった学校に迷い込む。
そこは学が遊んでいたRPGテレビゲーム『光の石の伝説』の世界だった。
『光の石の伝説』とは、闇の王に光の石を奪われたことによって世界が荒廃した世界で、その光の石を奪い返し世界を再び平和にするため勇者になって冒険するというテレビゲーム。
元の学校に戻ろうとする学とあかりの目の前に、ゲームの中の最弱モンスター・イガー(イガグリのような姿をしている)が現れる。イガーに襲われて気絶するあかりだが、学が彼らと戦う意思はないと言うと、イガーは形を変えハリネズミの姿になった。
彼は敵意のない学に彼らが安全に過ごせる場所を教え、学たちはゲームの世界でいう回復ポイント、保健室で休むことになる。

目が覚めたあかりは普通に保健室にいた。先生によれば階段で気絶したという。あかりはそのまま家に帰り、学も教室に戻る。
夜、彼らはあれが夢だったのだろうかと電話で話をして眠る。
すると彼らは再び保健室で目が覚めた。保健室の先生は昼間と違い、決められて言葉しか話さなかった。
彼らは保健室を後にすると、頭が獣の姿をした兵士と遭遇する。ゲームの世界では彼らは闇の王の兵士だったと学は思い出すが、学とあかりはその兵士に捕まってしまった。
兵士に連れられて階段を歩いていると、拳銃を持った二人に助けられる。
ひとりは同じ学校の同級生である谷勇太、もう一人はバトルと名乗る40代くらいの戦士。
勇太によると、この世界はやはり『光の石の伝説』の世界で、さらにこの世界をゲームとするならば、自分はそのゲームの主人公であると言う。
そして、光の石を手に入れれば元の世界に記憶を持ったまま戻れるが、死んでしまったらこの世界の記憶はすべて忘れてしまうことを知る。
学たちは元の世界に戻るために、光の石を手に入れるため勇太たちと行動を共にするのだった。

学とあかりはバトルからこの世界での戦い方を学ぶ。
敵を殺すことに抵抗を持つ二人。生き抜くためと言われ二人は訓練に励む。
その間にも現実世界との二重生活が続いていく。現実世界とゲームの世界での落差、現実世界でうまくいかない生活や、ゲーム世界で学んだ戦い方を実践したときの不思議な高揚感、勇太と現実世界でゲームの世界の話はしないでおこうという秘密を共有したことなど、日常と非日常を繰り返していく。
拳銃の使い方も学んだ。二人は戦いの訓練を実直に学ぶが、それでもあかりは相手を傷つけることを嫌がっていた。

ゲームの世界では新たな戦士・メルや陽気なもぐら男という仲間も加わり、ついに闇の王への道に踏み込んだ時、彼らはアクシデントから勇太・バトル・メルと、学・あかり・もぐら男の二手に分かれてしまった。
勇太たちはそのまま闇の王のもとへ戦いに行き、学は最初に出会ったハリネズミ(フクロハリネズミという種族)のハリーと再会を果たす。
そしてフクロハリネズミたちは、実は全員現実世界に生きている学校の同級生たちであるという衝撃的な事実を知るのであった。
フクロハリネズミたちは昔いちどだけ光の石に願い事をすることができたが、闇の王いわく「人間でなければ願い事ができない」ということを知らされ、彼らは自分たちの願い「元の世界に戻ってもこの世界の記憶を持ったままでいたい」を学たちに託す。

そんななか、学とあかりは夢のなかで現実世界に戻り、勇太と邂逅するが、勇太が二人を見知らぬ人扱いしたことに、勇太たちが死んだことを知るのであった。

学たちはフクロハリネズミの協力を得て光の石のもとにたどり着く。しかしあと一歩というところであかりが闇の王に捕まってしまう。
あかりを人質にとられ学は闇の王に撃たれて膝をつく。
しかし一瞬の隙をついて、闇の王の腰にあったメルのナイフをあかりは奪い、心臓に突き刺す。

闇の王を倒し、光の石は瞬いている。
ぼうっとしているあかりに、ハリーは「光の石に願い事を」とつぶやく。
あかりは光の石をみた。勇太や学やあかりの願い、フクロハリネズミたちの願い。そして世界を平和にするという願い。
いろんな願いがあったはずなのに。
あかりはこんな殺し合いをさせる石をつかむ。
「光の石よ、消えてなくなれ！」


甲高い金属音が鳴る。雷雨が教室の窓の外で叫ぶ。はっとしたあかりは隣の学を見た。学も信じられないようなものを見たようにあかりを見た。
ふたりは覚えている。夢のような世界のなにもかも。
学は家路につき、『光の石の伝説』を起動する。老人が語り掛ける。勇者は「冒険に出る」か「やめる」か選ぶことができる。
「やめる」のボタンを選んで、学はゲームの電源を落とした。

彼女はもしすべて終わったら、彼らの前から姿を消すだろう。
がむしゃらだった3年を経て、笹良は気づく。
私の両親は私のことをどう思うのだろう。
死んだと思っていた自分たちの娘が、自分の夢のために人を殺し、踏み躙って生きていたと知ったら。
奪い合い、多くの人を傷つけてなお、願うことなど本当はない。
光の石は壊された。多くの人の欲望の象徴は、少女の他人を思う気持ちによって。
いつかもう一度あの本を読めたら。ただ、それだけの願い、希望。
それを自分の手で壊すのだ。

でもそれは絶望じゃない。
でもそれは諦観じゃない。

壊して進む。
さよなら、子どもの私。

アズールから"ティエラアリア”の調査・捕獲任務の指揮を命じられる。それはアズールから半ば自暴自棄になっている笹良への成長を促す意味合いもあった。
任務の最中、実は生存していた櫻井青葉と接触するが、彼女が本物かどうか、彼女が嘘をついていないかずっと警戒していた。(が、本心を見抜く能力に甘えていて、実はその能力ですり抜けているところに対して警戒が甘くなっていたことに気づいていなかった。)
ティエラアリアの正体が櫻井青葉と知った後、彼女自身は青葉のことを切り捨てられるほど強くないため、こちら側に引き込むという陽太の意見に賛同していた。
青葉が開花し、去ったあと、依存しながら強がっていた自分の弱い心中を明かすことによって二人との結束を高め、青葉をもう一度取り戻すことを誓う。