魔動機文明時代の技術の結晶とも呼ばれたルーンフォークが生み出され、数百年経過したその翌年に設立。
目的はルーンフォークに並ぶ人造人間を作り上げ、より文明を発展させるのが本来の目的であった。
しかし、運が悪い事に、その人造人間を作り上げる計画を進めている最中、創立者であり、主任である者が急死。
弟子や共にいた研究員たちに全てを託してこの世を去る事になる。一部の説ではルーンフォーク以外の人造人間の存在を良しとしない国や組織の手によって消されたのではないかという。

創立者が死去し、悲しみに明け暮れながらも計画は続いていき、数々の失敗を重ねながら遂に完成した。
それが「ルーンコマンド」という種族だった。作業や労働でルーンフォークが使われるならこちらは戦闘目的で使われるという少々変わった目的で作られた。その性能は高く、本人の任意のタイミングで魔力制限を解除し、身体能力を引き上げる強化系の能力（機能）が付与されていた。仕様もルーンフォークと異なり、専用ジェネレーターで生まれる。
ただ、開発中に男性型が全て死滅してしまい、機能に適用し残ったのは女性型のみとなる。
幼い女の子のタイプが多いのは未だ不明であり、いくら原因を追究しても明らかになる事が無かった（もちろんジェネレーターに入れても女性型のみが生み出され、以降男性型が生み出されることはなかった）。

しかし、使い勝手の良さや権力者の要求に答えられるようなものではないと一蹴され、契約が手切りとなり、支援が受けられなくなってしまった。他にもメーカーからは「時代遅れの技術」、「それならルーンフォークの方が有能」と虐げられるばかりであったという。

魔動機文明末期に入りかけたところ、マナトロン機関は別の研究機関や国からの破壊工作のせいで工場がロクに機能しなくなり、しまいには所属していた研究員たちが国の調略で殺害されるという最悪な状態を迎え、衰退していった。

大破局に突入し、人族の文明が破壊尽くされた際、マナトロン機関は未だ調整中のルーンコマンドをコールドスリープ装置の中に入れ、大破局という悪夢が過ぎ去るのを待った。コールドスリープに入れなかった他のルーンコマンドたちは研究所や人族の里を守るために出動し、裏ながら支え続けたが、結果空しく全滅の結末を辿る事となった。

それから現代。コールドスリープから目覚めたルーンコマンドたちは魔動機文明の遺跡（元は研究所だった遺跡）を中心に集落を立て、専用ジェネレーターを守り続けていたという。また、コールドスリープから目覚めたマナトロン機関の研究員が再び組織を立ち上げ、復活を果たした。
しかし、その存在を敵対勢力の1つ「機甲人形(マシンナリードールズ)」に知られてしまい、未だ妨害工作を受け続けている。