事件はFHのジャームが暴走し、複数世帯が惨殺される事件から始まる。
しかし事件は、その情報がUGNに届く前に、Ｆ市とFHによって隠蔽され闇に葬られた。
FHはこの地由来の特殊なレネゲイトウイルスに興味を持ち、市内には艤装されたFHの研究施設があった。
そしてF市はFHから流入する資本によって地方の中枢都市として大いに栄えていた。
それらの蜜月がUGNに発覚する事を恐れたのだ。

沼霧嵐は当初、家族の死体と共に、しかし傷一つなく発見された。
FHによって行われた検査の時点ではレネゲイド反応は陰性。
記憶処理を施され、日常に戻された。
家族の死を事故に偽装され自身の記憶も操作され日常に戻る沼霧嵐。
しかし、眠れば記憶は夢として彼女を苛んだ。

不可解な、しかし酷く恐ろしい夢を見ながらの日常生活。
しかし、夢が、彼女の日常に実態をもって現れる。

夕暮れの河川敷、貫かれた死体、そして楽しそうに死体を嬲る金髪の男。
フラッシュバックする記憶、自らが蹂躙された記憶。
紅く染まる視界、
再度貫かれた心臓、
下卑た笑みを浮かべる男、
そして己の内側からの声。

「ボクタチガタスケテアゲルヨ」

沼霧が正気に戻った時、その場に残ったのは食い散らかされた男の体のごく一部。

記憶を取り戻した沼霧嵐と、それを追うFHの暗闘。
この日よりF市には、人を喰らう蛇の怪異の噂がひっきりなしに語られるようになる。
そしてそれは、遂にUGNの耳にも届く。
討伐対象、ジャーム【ハイドラ】として。

UGNエージェント【シルクスパイダー】玉野椿と【ファルコン】高崎隼人が派遣され仮称【ハイドラ】の捜査が始まる。
F市のレネゲイド対策課は【ハイドラ】が無差別に人を襲っていると、二人に討伐を懇願した。
犠牲者の数の余りの多さに旋律と、そして一抹の疑問を感じた二人。
UGNが把握している犠牲者の数と、明らかに規模が違いすぎる。

F市地下、大規模外郭放水路にて。
流水で構成された無数の蛇の群れと相対する二人。
戦闘は一進一退に見えて、徐々に追い込まれる蛇の群れ。
二人のエージェントの攻撃が本体に届く＿＿＿刹那。
そこに襲いかかるFHの刺客。
それを見た蛇の群れに『戸惑い』を見出した【シルクスパイダー】
FHのエージェントにより攻撃を受ける二人、分断され窮地に立つ【シルクスパイダー】
その時彼女は、あえて無数の水の蛇の坩堝に身を投げる。

不思議と、蛇達は襲ってこなかった。
安全な所まで泳ぎ陸地に上がると、目の前には一人の少女が佇んでいた。
白い肌と艷やかな黒髪の端正な顔立ち。
よく見ると、所々が解れ、血の滲んだセーラー服を身にまとっていた。

「貴方には、人としての心がまだ残っているの？」
無言の少女に【シルクスパイダー】が問いかける。

「こころ、ですか。分かりません、私がどうなってしまったのかも、貴方を信じてよいのかも」
驚いたように、困ったように、言葉を選びながら返答するセーラー服の少女。

「そう……ね。じゃあ、また会いましょう。貴方が私に何か一つでも、話して良いと思えたら」

そう言って【シルクスパイダー】はその場を去った。
一匹の蛇が、彼女に、安全に地上に出る道を先導した。

二人のUGNエージェントと、そして事態を重く見たUGN日本支部長【リヴァイアサン】霧谷雄吾の捜査は【ハイドラ】へのソレから外れ、F市の暗部に切り込んでいった。

研究所利権、
FHから流入する資本、
数十年にわたる蜜月の関係、
闇に屠られた犠牲者達。

UGNから送られる追加のエージェント達、そしてそれを迎え撃つはF市に根を張るFHの巨大セル、そしてそれとの癒着で潤ってきたF市そのものの公権力。
激化する暗闘。
傾く天秤。
そして、FHの敗れたジャームを片端から喰らい、水底よりじっと見つめる一人の少女。

戦いは終わった。
FHのセルリーダーは打倒されたが、証拠の数々は闇に葬られた。
ようやくの終戦、一先ずの戦勝。
しかし、勝ちきれはしなかった。
そう【勝ちきれなかった】のだ。

【シルクスパイダー】と【ハイドラ】は戦いの最中でも逢瀬を重ね、共闘を経て幾度も言葉をかわした。
【ハイドラ】は【シルクスパイダー】に全てを話し、また【シルクスパイダー】は【ハイドラ】に様々な事を教えた。
そして、最後の戦いの直後。
夕日が落ちかけた河川敷。
1年ぶりに地下水道から地上に上がり、太陽の光をその身に受けた【沼霧嵐】
一息つきながらも、心のどこかにざわつきを覚える【玉野椿】

「痛み分け、これから長い時間をかけて、後始末をしていくわ」
「その必要はありません、私が引き継ぎます」
「引き継ぐ？」
「全て、洗い流してしまえばよいのです。ようやく、それができるようになりました」
「まって！」
「貴方も、出来れば早くここから立ち去ってください」
制止する声もむなしく【ハイドラ】の体は水と化し、川へと消えた。

「報告にあった【ハイドラ】ですか、確か、協力的であるという話だと」
「はい、ですが……今は彼女を止めてください彼女は……おそらく……」
「霧谷さん！F市川上流に巨大なレネゲイト反応が、これは、ヤバい！」

F市にはその象徴とでもいうべき巨大なダムがあった。
そのダムが崩れ、膨大の暴れ水が川を下って押し寄せる。
そしてその中に。悠々と蠢く九条の影。
九つの首は、そのすべてが巨木の如く。
血に飢えた咢は、剣山の如く。
憤怒に震える十八の眼は、まさしく彼女の心が如く。

ソレこそがFHがこの地で望んだ【起源種】感染者の完成形。
数多のジャームのレネゲイドを喰らい、脱皮を重ね、洪水と重なり意味を結んで終ぞ成る。
そは洪水の化身、暴れ水と共に天より下る九頭竜
その神話の再現。
この世の汚濁のその一遍でも洗い流そうと、洪水を従えF市に迫る。

「それを、私がやったのですね」
UGNエージェント達の必死の尽力で、洪水の被害は抑えられ【ハイドラ】は倒された。
【ハイドラ】沼霧嵐はUGNに収監された。
UGNにおける検査では、彼女のレネゲイド反応は一般のオーヴァードと比較してもことのほか低く、その大部分は休眠状態となっていることが判明。
人格鑑定の結果は、レネゲイドによる理性の浸食無し。
凶行はオーヴァードの衝動と暴走状態からなる物と診断された。
「ええ、貴方がやったことよ」
病室の一区画、再び対面する【沼霧嵐】と【玉野椿】
「後悔、しているの？」
「後悔は、していません。するべきではないんです。私は、私の衝動でF市を洗い流してしまおうと思ったのですから」
「そう……」
「た……だ」
「ただ？」
「怖い、です」
そう、呟いた彼女の手は、かすかにふるえていた。
「そう、怖かったのね」
「はい」
「ならば、及第点かな？」
「え？」
「貴方のレネゲイドコントロールのトレーニングの教官になったわ。【玉野椿】よ、改めてよろしくね」
彼女は笑顔で、そう告げた。