神楽市支部では、日夜『使徒』との戦いが行われている。
ある日、第五使徒が現れた。UGNは事前に想定されていた通りの動きで使徒の対応へと動く。
そんな中イレギュラーが発生、学校へと使徒が現れ、その場に巻き込まれた天原 シンイチが覚醒したのだ。
第五使徒を打ち倒した後に、間を置かずに第六使徒が現れる。
どうやら使徒にセフィロトの樹の在処に気付かれてしまったようだが、第六使徒も撃退。
支部長・真田トモユキにセフィロトの樹へと連れられる。
一体、真田トモユキが何を考えているのか、今後もそれを探るべく彼の動向に注視していかなければならない。

第六使徒による襲撃の傷が癒えないままの神楽市支部にまた新たな困難が降りかかる。
学校に第7使徒アンデレが出現、学校の人間達を洗脳し天原シンイチや園原みなもを襲いはじめた。
それに対処している一方で、支部に第7使徒アンデレ、第8使徒マティア、第9使徒トマス、第10使徒マタイ、第11使徒ヨハネ、計5体の使徒が徒党を組み現れ、セフィロトの樹をめがけて侵攻し始めた。
真田タクミが一人で天国の門を死守している場面に駆けつける。どうにか使徒を退けることができた。
しかし戦闘終了後、真田タクミが暴走してしまう。
一体彼女はその身の内に何を持っているのか、今後も注視していく必要がある。

使徒の大量襲来からまた日を置かずして第十二使徒ユダが真田タクミの部屋に侵入、迎撃を行った。
不穏な思惑が渦巻く中、霧谷から裏取りを命じられた情報を天原シンイチから教えられる。
奇しくも手に入れた情報を霧谷に報告していると、市街地に第十三使徒ヤコブスが襲来。
撃破することができたが、その直後に第十二使徒ユダが悠木ユウを支配下に取り込み現れる。
それを神楽市支部長･真田トモユキの采配により、真田タクミをロンギヌスの槍を利用し無理矢理暴走さえ対処にあたらせる。
その際、第十二使徒ユダを取り込み、悠木ユウを殺しかける。
この脅威を本当に真田トモユキ、ハインリヒ両名は御せると考えているのだろうか。更に彼女を利用し、一体何を為そうというのか。
疑惑は、深まるばかりだ。

真田タクミが脱走した。
今まで彼女にかかっていたストレスが原因だったようだ。真田タクミを追った園原みなもには引き留められなかったらしい。
しかしその一方で、街を第14使徒シモンが襲う。
この使徒も胎内回帰の願望によってセフィロトの樹へと向かう。
街を襲う